John R. Yates

John R. Yates III est professeur John Lytton Young au Département de biologie structurale et computationnelle intégrative de l’Institut de recherche Scripps. Il a obtenu un baccalauréat en zoologie et une maîtrise en chimie de l’Université du Maine à Orono et un doctorat en chimie de l’Université de Virginie, au laboratoire de Donald F. Hunt, où sa thèse portait sur le séquençage des protéines par spectrométrie de masse en tandem. Il a suivi une formation postdoctorale au laboratoire de Leroy E. Hood à l’Institut de technologie de la Californie.

Le Dr Yates a occupé des postes de professeur à l’Université de Washington, où il a été promu professeur associé titulaire, avant de rejoindre l’Institut de recherche Scripps. Il est un pionnier de la protéomique basée sur la spectrométrie de masse en tant qu’inventeur principal du logiciel SEQUEST pour la recherche dans les bases de données de spectres de masse en tandem et développeur principal de la protéomique shotgun pour l’analyse de mélanges de protéines à grande échelle. Son laboratoire a développé des méthodes protéomiques avancées pour étudier les complexes protéiques, les modifications post-traductionnelles, les organites et l’expression quantitative des protéines, permettant ainsi des découvertes biologiques fondamentales.

Le Dr Yates a reçu de nombreuses distinctions, dont le Prix de la recherche de l’ASMS, le Prix Pehr Edman, la Médaille Biemann, le Prix HUPO pour ses réalisations exceptionnelles, le Prix Herbert Sober, le Prix Christian Anfinsen, le Prix ACS de chimie analytique, le Prix Ralph N. Adams, la Médaille Thomson, le Prix John B. Fenn pour sa contribution exceptionnelle, le Prix HUPO pour la découverte, ainsi que le Prix 2024 en chimie analytique de la Pittsburgh Society. Il a été rédacteur en chef adjoint de Analytical Chemistry pendant 15 ans et est actuellement rédacteur en chef du Journal of Proteome Research.

Les travaux

Les professeurs John Yates, Ruedi Aebersold et Matthias Mann ont collectivement établi les fondements de la protéomique moderne, l’étude à grande échelle des protéines, en solutionnant trois problèmes interdépendants : comment les protéines peuvent être mesurées à l’échelle, comment rendre ces mesures quantitatives et fiables, et comment interpréter biologiquement des données protéiques complexes.

Le professeur Yates a été un pionnier de la protéomique ‘shotgun’, développant des méthodes computationnelles qui permettent d’interpréter les spectres de masse en tandem pour identifier des protéines, facilitant l’identification à grande échelle et non biaisée de protéines issues de mélanges complexes et transformant fondamentalement la recherche biologique.

Le professeur Aebersold a transformé l’analyse des protéines en faisant évoluer ce domaine de l’électrophorèse sur gel 2D vers l’analyse quantitative des protéomes, puis vers des approches ciblées et, enfin, vers la mesure de l’état fonctionnel du protéome, établissant la protéomique comme science rigoureuse et quantitative.

Le professeur Mann a transformé le domaine grâce à des innovations qui touchent les méthodes de spectrométrie de masse, l’analyse computationnelle et l’application biologique. En développant MaxQuant, l’une des plateformes informatiques les plus largement utilisées en protéomique, il a établi de nouvelles normes d’identification et de quantification des protéines. Son laboratoire a été à l’avant-garde de méthodes qui ont permis une mesure précise de plus de dix mille protéines et de leurs modifications dans le cadre d’expériences singulières, et il a étendu la protéomique basée sur la spectrométrie de masse au diagnostic clinique via la protéomique plasmatique, puis à la biologie spatiale via la protéomique visuelle profonde.

L’impact

En permettant d’étudier de façon exhaustive les molécules et leurs propriétés fonctionnelles pertinentes qui remplissent des fonctions cellulaires clés et servent de cibles pour à nombreux médicaments, les professeurs Yates, Aebersold  et Mann ont apporté des contributions à l’analyse des protéines qui ont remodelé la recherche biomédicale et la médecine.

La protéomique est aujourd’hui essentielle à la compréhension des mécanismes de la maladie, permettant des avancées dans la recherche sur le cancer, les maladies neurodégénératives, l’immunologie, les maladies infectieuses et la médecine de précision. Collectivement, leurs travaux ont ouvert de nouvelles voies pour comprendre les processus biologiques des protéines dans la cellule et leurs perturbations dans le cadre de la maladie, menant à la découverte de médicaments et renforçant la façon dont la recherche fondamentale se traduit en bienfaits cliniques.