Matthias Mann

Matthias Mann a étudié la physique et les mathématiques à l’Université de Göttingen avant d’obtenir un doctorat en génie chimique de l’Université Yale. Alors qu’il était étudiant diplômé au sein du laboratoire du professeur John Fenn, il a contribué au développement de l’ionisation par électropulvérisation pour les grandes biomolécules, des travaux qui ont valu au Dr Fenn le prix Nobel de chimie en 2002. Plus précisément, le Dr Mann a développé un algorithme pour déterminer la masse moléculaire des ions multichargés, appelé déconvolution, qui est encore largement utilisé aujourd’hui.

Durant ses travaux postdoctoraux au Danemark, il a développé l’un des premiers moteurs de recherche permettant d’identifier les protéines par la masse de leurs peptides dans les bases de données de séquences. De 1992 à 1998, le Dr Mann a dirigé le groupe des protéines et des peptides à l’EMBL, innovant des technologies protéomiques fondamentales pionnières, y compris l’algorithme d’identification de la séquence peptidique, la nano électropulvérisation et des méthodes efficaces d’extraction peptidique. De 1998 à 2005, il a été professeur de bioinformatique au Danemark, où il a développé SILAC et cartographié les premiers complexes protéiques et organites à l’aide d’approches protéomiques.

Depuis 2005, le Dr Mann est directeur du Département de protéomique et de transduction de la signalisation à l’Institut Max Planck de biochimie de Munich. De 2007 à 2025, il a également occupé le poste de directeur du Programme de protéomique au Centre de recherche sur les protéines de la Fondation Novo Nordisk à l’Université de Copenhague. Pionnier de la protéomique basée sur la spectrométrie de masse, il a développé des technologies fondamentales et élaboré des flux de travail informatiques pour l’analyse quantitative des protéines, en mettant l’accent sur la protéomique des fluides corporels, la protéomique spatiale unicellulaire et les modifications post-traductionnelles.

Avec près de 1 000 publications et un indice h de 282, il figure parmi les chercheurs les plus cités au monde. Les distinctions qu’il a obtenues comprennent l’élection à l’Académie nationale des sciences, le Prix Heineken (partagé avec Ruedi Aebersold), la Médaille Otto Warburg, le Prix Leibniz et le Prix Louis-Jeantet pour la médecine.

Les travaux

Les professeurs John Yates, Ruedi Aebersold et Matthias Mann ont collectivement établi les fondements de la protéomique moderne, l’étude à grande échelle des protéines, en solutionnant trois problèmes interdépendants : comment les protéines peuvent être mesurées à l’échelle, comment rendre ces mesures quantitatives et fiables, et comment interpréter biologiquement des données protéiques complexes.

Le professeur Yates a été un pionnier de la protéomique ‘shotgun’, développant des méthodes computationnelles qui permettent d’interpréter les spectres de masse en tandem pour identifier des protéines, facilitant l’identification à grande échelle et non biaisée de protéines issues de mélanges complexes et transformant fondamentalement la recherche biologique.

Le professeur Aebersold a transformé l’analyse des protéines en faisant évoluer ce domaine de l’électrophorèse sur gel 2D vers l’analyse quantitative des protéomes, puis vers des approches ciblées et, enfin, vers la mesure de l’état fonctionnel du protéome, établissant la protéomique comme science rigoureuse et quantitative.

Le professeur Mann a transformé le domaine grâce à des innovations qui touchent les méthodes de spectrométrie de masse, l’analyse computationnelle et l’application biologique. En développant MaxQuant, l’une des plateformes informatiques les plus largement utilisées en protéomique, il a établi de nouvelles normes d’identification et de quantification des protéines. Son laboratoire a été à l’avant-garde de méthodes qui ont permis une mesure précise de plus de dix mille protéines et de leurs modifications dans le cadre d’expériences singulières, et il a étendu la protéomique basée sur la spectrométrie de masse au diagnostic clinique via la protéomique plasmatique, puis à la biologie spatiale via la protéomique visuelle profonde.

L’impact

En permettant d’étudier de façon exhaustive les molécules et leurs propriétés fonctionnelles pertinentes qui remplissent des fonctions cellulaires clés et servent de cibles pour à nombreux médicaments, les professeurs Yates, Aebersold  et Mann ont apporté des contributions à l’analyse des protéines qui ont remodelé la recherche biomédicale et la médecine.

La protéomique est aujourd’hui essentielle à la compréhension des mécanismes de la maladie, permettant des avancées dans la recherche sur le cancer, les maladies neurodégénératives, l’immunologie, les maladies infectieuses et la médecine de précision. Collectivement, leurs travaux ont ouvert de nouvelles voies pour comprendre les processus biologiques des protéines dans la cellule et leurs perturbations dans le cadre de la maladie, menant à la découverte de médicaments et renforçant la façon dont la recherche fondamentale se traduit en bienfaits cliniques.