Ruedi Aebersold

Ruedi Aebersold est un scientifique suisse-canadien formé en biologie cellulaire et en biochimie au Biocentre de l’Université de Bâle, en Suisse. Après des recherches postdoctorales à Caltech, il a occupé des postes de professeur à l’Université de la Colombie-Britannique, à Vancouver, et à l’Université de Washington, à Seattle, Washington. En 2000, il a cofondé l’Institut de la biologie des systèmes de Seattle avec Lee Hood et Alan Aderem. En 2004, il a rejoint l’ETH de Zürich pour créer l’Institut de biologie des systèmes moléculaires. Il a cofondé plusieurs entreprises et a occupé plusieurs postes dans l’administration publique. Ses travaux ont été récompensés par de nombreux prix nationaux et internationaux, dont la Médaille Biemann de l’ASMS, le Prix Paracelsus de la Société suisse de chimie, le Prix Otto Naegeli, la Médaille Thomson de l’IMSF, le Prix HUPO pour ses réalisations, le Prix Marcel Benoist de la science suisse − la plus prestigieuse distinction scientifique en Suisse, et le Prix Heineken de biochimie et de biophysique en 2024.

La recherche du groupe du professeur Aebersold s’est concentrée sur le protéome. Le groupe a inauguré plusieurs techniques largement utilisées et a développé des logiciels et des outils statistiques à accès libre qui ont contribué à rendre la recherche protéomique plus transparente, reproductible et précise. Collectivement, ces méthodes et outils constituent une trousse multiPROTéomique pour l’étude des échantillons biologiques en tant que systèmes complexes et adaptables. L’utilisation de cette trousse a permis de mieux comprendre les processus moléculaires en biologie fondamentale et en recherche clinique.

Les travaux

Les professeurs John Yates, Ruedi Aebersold et Matthias Mann ont collectivement établi les fondements de la protéomique moderne, l’étude à grande échelle des protéines, en solutionnant trois problèmes interdépendants : comment les protéines peuvent être mesurées à l’échelle, comment rendre ces mesures quantitatives et fiables, et comment interpréter biologiquement des données protéiques complexes.

Le professeur Yates a été un pionnier de la protéomique ‘shotgun’, développant des méthodes computationnelles qui permettent d’interpréter les spectres de masse en tandem pour identifier des protéines, facilitant l’identification à grande échelle et non biaisée de protéines issues de mélanges complexes et transformant fondamentalement la recherche biologique.

Le professeur Aebersold a transformé l’analyse des protéines en faisant évoluer ce domaine de l’électrophorèse sur gel 2D vers l’analyse quantitative des protéomes, puis vers des approches ciblées et, enfin, vers la mesure de l’état fonctionnel du protéome, établissant la protéomique comme science rigoureuse et quantitative.

Le professeur Mann a transformé le domaine grâce à des innovations qui touchent les méthodes de spectrométrie de masse, l’analyse computationnelle et l’application biologique. En développant MaxQuant, l’une des plateformes informatiques les plus largement utilisées en protéomique, il a établi de nouvelles normes d’identification et de quantification des protéines. Son laboratoire a été à l’avant-garde de méthodes qui ont permis une mesure précise de plus de dix mille protéines et de leurs modifications dans le cadre d’expériences singulières, et il a étendu la protéomique basée sur la spectrométrie de masse au diagnostic clinique via la protéomique plasmatique, puis à la biologie spatiale via la protéomique visuelle profonde.

L’impact

En permettant d’étudier de façon exhaustive les molécules et leurs propriétés fonctionnelles pertinentes qui remplissent des fonctions cellulaires clés et servent de cibles pour à nombreux médicaments, les professeurs Yates, Aebersold  et Mann ont apporté des contributions à l’analyse des protéines qui ont remodelé la recherche biomédicale et la médecine.

La protéomique est aujourd’hui essentielle à la compréhension des mécanismes de la maladie, permettant des avancées dans la recherche sur le cancer, les maladies neurodégénératives, l’immunologie, les maladies infectieuses et la médecine de précision. Collectivement, leurs travaux ont ouvert de nouvelles voies pour comprendre les processus biologiques des protéines dans la cellule et leurs perturbations dans le cadre de la maladie, menant à la découverte de médicaments et renforçant la façon dont la recherche fondamentale se traduit en bienfaits cliniques.